肛瘘的治疗一般以手术治疗为主，也有一部分肛瘘，发作以后自愈。也有一些药物治疗。
药物治疗，包括口服一些药物，可以清热、利湿、解毒，对一些时间比较长的这些瘘管，可能在局部，可以通过一些药线药捻的局部换药处理。
多数情况下，都需要通过手术的治疗来治愈。肛瘘是一个手术治疗的疾病，其他的方法是一些辅助的方法。但是肛瘘的手术，手术方法也很多，主要的一个是要正确地寻找它的管道和它的内口。
因为肛瘘都有内口，如果找的不准确或者处理的不恰当，就会是创面不能愈合，或是瘘管会再反复发作，要正确地寻找和正确的处理它的内口，避免一些不好的情况发生。除此之外，要注意保留肛门括约肌的功能。因为瘘管往往都要穿过括约肌。
如果损伤括约肌过多，尤其外括肌的深部和耻骨直肠肌，也就所谓肛管直肠环这一部分，如果处理不当，会造成肛门失禁的情况，所以临床上要注意两点，正确的找到和处理它的内口，要正确地保留肛门括约肌的功能。除了这个手术以外，术后处理不当，也可能造成治疗的失败，也造成一些假性的愈合，所以在临床上术后的换药处理也很关键。