预防复杂性肛瘘最主要的因素是保持良好的饮食习惯。其次，可从以下几点来预防：1、多食用一些水果，蔬菜等粗纤维食物，避免食用辛辣刺激食物及饮酒，不要食用油炸食品和油腻的食物。2、保持良好的排便习惯，入厕时间不超过5分钟，上厕所期间不看书玩手机或看报。3、避免长时间站立、久坐和久蹲，避免肛门周围组织受凉。4、多做提肛运动及收缩肛门括约肌运动。5、保持局部皮肤的清洁干燥，坚持每天坐浴。排便前后清洗肛门。无条件者可以用消毒湿巾进行擦拭。禁止使用肥皂或消毒剂清洗肛门，避免肛周皮肤受到强烈的刺激。

肛瘘与肛周脓肿其实在临床上是同一种疾病的不同分析。换句话说，肛瘘与肛周脓肿，本质上都是坐骨直肠肛管周围间隙的细菌感染，因为感染的细菌主要来源于肠道，主要是革兰氏阴性杆菌与厌氧菌。肛周脓肿作为坐骨直肠周围间隙感染的急性期，主要的临床表现为局部的红肿热痛甚至波动感阳性，细菌毒素释放入血，甚至会引起畏寒高热等脓毒血症，而肛瘘主要表现为坐骨直肠周围间隙的慢性感染，通常没有畏寒发热等全身症状，而仅仅表现为局部的红肿热痛，甚至破溃流脓。在临床上绝大多数的肛瘘是因为肛周脓肿形成以后，行脓肿切排，治疗迁延不愈所形成的，包含有内口、外口窦道，其初期的症状也就是局部肛周脓肿治疗以后，局部治愈，经过一段时间以后，一般在一个月左右，在原手术切口部位再次出现局部的红肿热痛，破溃流脓，迁延不愈，甚至在皮下可以摸到条索一样的窦道。

低位肛瘘，同样属于肛瘘的一种。肛瘘主要是继发于肛周脓肿行脓肿切排以后。形成的坐骨直肠周围间隙慢性感染形成的窦道，解剖学上来说分为内口外口与窦道。所谓的低位肛瘘也就是指整个肛瘘位于肛管直肠环的下方，内口一般来说开口于齿状线的下方，因为仅仅位于皮下粘膜层，粘膜下层。而与肛管直肠环没有相关性或者说不穿过肛管直肠环，对于低位肛瘘，临床治疗上通常采用局部麻醉或者是硬膜外麻醉，或者是腰麻、甚至全麻，将肛瘘连同窦道一次性的完整的梭形切除，全面敞开，术后以1比5000高锰酸钾坐浴。局部涂以痔疮膏，或者油性的比如凡士林软膏。同时饮食上避免进食油腻辛辣刺激食物，多进食新鲜的蔬菜水果等高纤维素食物，保持大便通畅，通常1~2周左右，就可以获得治愈。

低位肛瘘的治疗，有如下几个方面：第一，药物治疗。药物治疗适用于发作期带有流脓、红肿、疼痛的症状者，或者暂时不适合手术者，可以采取药物治疗的方法来暂时缓解症状。采用外用的中药洗剂坐浴，如：马应龙金玄痔科熏心散，外涂药膏，如：金黄膏，同时使用抗生素对急性期发作有一定的帮助，使用时间一般不超过1周。第二，手术治疗。手术的目的是要将肛瘘的瘘管切开，让肛瘘的瘘管引流通畅，让伤口逐渐愈合。手术中的观念是正确的找到内口，然后将内口切开或切除，常用的方法是使用探针引导下进行息肉的切除。

肛瘘可能是体质抵抗力下降，造成局部感染，造成肛瘘。肛瘘的原因很多：一、最主要是肛周脓肿引起的肛瘘，肛周脓肿破口以后大多形成低位或高位的肛瘘。二、肛门附近的感染，比如肛门细菌感染、外伤感染，也可以引起肛瘘。三、产伤、会阴撕裂、白血病、肿瘤、炎症性肠病、免疫性疾病等，造成机体抵抗力下降，形成局部病灶，引起机会感染、肛门腺感染，造成肛瘘。肛门腺感染以后的炎症感染，可以沿着括约肌间隙，引起肛周的括约肌脓肿，造成患者疼痛、发热、坐立不适等表现。