肛瘘发作最好的方法就是进行手术，如果不能进行手术，可采取保守治疗。对于有剧烈疼痛的患者，可以在肛管内注入抗生素或使用局部涂抹药膏，来消除炎症。可在创面涂抹消炎止痛药膏来缓解疼痛。建议进行肛门坐浴，因为通过坐浴可以促进血液循环，促进炎症的吸收，以缓解肛门括约肌的痉挛并且减轻疼痛，达到清洁肛门和消炎的作用、坐浴时一定要使肛门完全浸入到水中，这样效果才会更好，也可进行药物的熏洗来改善症状，等炎症缓解后可行手术治疗。

肛瘘最有效直接的治疗方法为手术，有极少数的患者会自己治愈。如果是低位单纯性肛瘘，可以采用瘘管切开术或瘘管切除术。如果是高位单纯性肛瘘或高位复杂性肛瘘可采用挂线疗法，其方法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线进行机械性压迫，使挤压处的组织发生血运障碍而坏死，然后再缓慢地切开肛瘘，在慢慢切开瘘管的过程中，基底组织的创面肉芽已经逐渐愈合，可以防止发生术后肛门失禁。如果是在肛瘘的发作期间或者是在间歇期，可服用一些抗生素或外涂膏药来缓解症状，症状消失后再进行手术。

肛瘘与肛周脓肿其实是同一种疾病的不同分期，也就是说肛周脓肿通常是坐骨直肠肛管周围间隙感染的急性期，表现为局部的红肿热痛。严重时可以伴有畏寒发热等全身毒血症状。而肛瘘是坐骨直肠肛管周围间隙感染，迁延不愈所形成的慢性期，包括内口、外口与窦道，其典型的临床表现为，肛周部皮肤出现脓肿改变，破溃以后流脓。然后可以获得缓解，但是每1~3个月左右，反复发作，迁延不愈，一般来说，对于肛瘘很少出现出血，出现出血绝大多数是因为急性期破坏。或者说，瘘口瘘管破坏以后，导致的粘膜渗血，量一般来说比较少。通常对于肛裂的出血治疗，主要是及时的予以抗生素治疗，通常采用三代以上的头孢类抗生素，配合抗厌氧菌药物，比如甲硝唑治疗，同时对于肛瘘需要及时的完善术前准备。予以行肛瘘挂线治疗，以求获得根治。

肛瘘初期会出现疼痛，肿块，流脓，肛瘘反复感染发炎引起肛周瘙痒，大小便失禁等症状。一、疼痛。肛瘘突然疼痛多为感染发炎，或者脓液引流不畅通，但是也预示着病势扩散或者有新的病灶发生。疼痛程度与病势成正比，疼痛越剧烈病势越严重。二、肿块。在炎症急性发作时由于外口封闭，引流不畅会导致瘘管中的脓液急剧增多，产生肿块变大。三、流脓，脓液的多少和瘘管的大小、长短、数目有关，新形成或者炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚。四、肛瘘反复感染发炎，脓水不断，往往会导致肛门周围潮湿、瘙痒，引起肛门的湿疹、瘙痒。五、如果肛瘘严重时，有的病人从肛瘘内排出气体或流出粪便也是常见的情况，遇到肛瘘的情况要及时进行手术治疗。

肛瘘的典型的症状有以下几个方面，第一个方面，就是流脓，它的出脓的情况，根据它的肛瘘的形成不同而不同，有的脓液可能比较稠厚，是出来一些黄白色，但有的是脓液可能出的就比较清晰，还有可能带有一定血性的这些，这都是属于局部的分泌物，分泌出来会有脓水。第二个方面，肛瘘可能还有肿痛的情况，因为有时候它的这个口出的很通畅的时候，那么它的肿痛不明显。一旦它有两天以后没怎么出脓，那么它外口有可能就闭上，闭上以后它再有脓液就会窝藏到里边，这时候可以造成肛门周围局部的肿胀，疼痛严重，可能还有发烧的情况。第三个方面，常见的症状还有瘙痒，因为肛门部长期有一些脓液分泌物，有一些刺激，会造成肛周皮肤的一些改变，造成它的瘙痒的情况，这是常见的肛瘘的症状。