肛瘘在临床上是非常常见的肛管炎性疾病，其病因通常是因为肛周脓肿急性期，行手术切排引流以后迁延不愈所形成的，坐骨直肠肛管周围间隙慢性感染，按照解剖学上来说，伴有内口外口以及窦道。甚至复杂性的肛瘘有多个窦道。
目前，在临床上对于肛瘘的治疗，唯有手术治疗，才有可能获得，至于其手术的方式又有多种多样，目前在临床上最常采用的。
手术方式主要包括，对于低位单存性肛瘘，可以一次性的肛瘘切除，因为不会损伤肛门括约肌，而不会引起术后大便失禁。对于高危或者复杂性的肛瘘，通常需要行肛瘘挂线治疗，除了手术切除或者挂线治疗以外，目前临床上甚至有学者提出采用肛瘘封堵治疗，甚至根据目前的微创技术的发展，甚至有肛瘘镜，也就是通过瘘管塞入内窥镜。然后，准确的找到各个窦道。再综合治疗。