任何手术都有并发症，虽然玻璃体切割手术现在技术进步较大，比以前进步一大截，有非常明显的进步，但毕竟是手术，还是有一定的并发症。虽然比较少，但最常见从前到后可能会有包括角膜水肿、包括角膜上皮的水肿或者是角膜全层的水肿；会有前房里面的反应，有的患者会出现眼压的升高甚至出现青光眼的改变；有的患者玻璃体切割的时候晶体受到手术的影响，会出现白内障的加重，在做完手术很快白内障更加严重，导致视力升高又下降；有的患者因为切玻璃体除去积血，手术后可能玻璃体还会出血，甚至有时候出血量较大，也比较常见；有的患者甚至有眼内炎，手术都有感染，眼睛也不可避免会出现感染，虽然医生会尽力不让感染发生，但还是有极少部分患者出现眼内炎；有的患者因为眼底病变比较重，特别是外伤引起的时间较长或者是视网膜脱离较久，玻璃体切割手术后患者的玻璃体增殖很重称之为增殖性玻璃体视网膜病变，也简称PVR，部分患者会很严重，导致手术失败，出现视网膜脱落或者眼压降低，患者不得不重做，而且重做效果也不好，这是比较严重的情况；还有的患者可能出现眼压高或低，甚至眼球有萎缩的趋向，严重外伤的患者容易有类似问题；因为眼睛的特殊性，一个人都有两只眼睛，所以一个眼睛做手术，另外一个眼睛不做，特别是内眼手术包括玻璃体手术，甚至是青光眼、白内障手术，会出现另外一个眼的葡萄膜炎，称之为交感性眼炎。
以上是理论上存在的并发症。玻璃体切割手术虽然现在进步很大，是微创手术，但是手术风险和并发症都存在，虽然可能性很小，特别是交感性眼炎或者是眼内炎，但可能性还是有。因为毕竟是手术，是有感染的可能和感染的风险，任何手术患者都要重视，再简单、再微创还是有并发症可能性。一般希望通过医生努力，降低并发症出现的几率，为患者带来较好的结果。