蜡样芽胞杆菌在生长繁殖的过程中会“放毒”，它释放的毒素在医学上被称为“外毒素”。蜡样芽胞杆菌可释放许多毒素，其中两种毒素是引起食物中毒的主要原因。

一种毒素被称为“肠毒素”，它会像霍乱杆菌、致病性大肠杆菌释放的肠毒素一样，对肠道细胞产生毒性，导致病人腹泻。但肠毒素不耐热，在加热到45℃30分钟或56℃5分钟的情况下，毒素则会被破坏，失去了毒性。

另一种毒素被称为“呕吐毒素”，是引起病人剧烈呕吐的主要原因。这种“呕吐毒素”非常厉害。它不仅可以刺激胃肠道神经，导致呕吐，还可以破坏肝细胞线粒体，导致肝细胞中毒。最厉害的是这种毒性不怕高温，在加热126℃90分钟的情况下，毒素都不会被破坏，照样发挥它的毒性。所以，含有毒素的食品即使高温加热仍可以引起人类中毒。

蜡样芽胞杆菌释放何种毒素与细菌的类型和生长环境有关。有研究证实，血清1型蜡样芽胞杆菌容易释放呕吐毒素;在米饭等淀粉类食物中，蜡样芽胞杆菌容易产生呕吐毒素，而在肉类等其他食品中，呕吐毒素产生较少，而肠毒素增多。蜡样芽胞杆菌产生呕吐毒素还与外界温度有关，在20～37℃的环境中，毒素的产量最高。

蜡样芽胞杆菌“放毒”还特别隐蔽，含有毒素的食品大多无腐败、变质现象，进食时通常不易不人们察觉。因此，蜡样芽胞杆菌食物中毒更要引起人们的警惕。