导致复杂性肛瘘发生的原因主要和细菌感染、肛门部位严重受损，以及单纯性肛瘘反复发作形成脓肿有直接关系。此外，手术过程中操作不当，或者是做切开引流术后，也容易导致疾病发生。而克罗恩病、骶前囊肿等疾病，也容易诱发复杂性肛瘘。

复杂性肛瘘的发生，多是因单纯性肛瘘久治不愈，且病程较长从而演变过来的。患者主要表现为肛门部位反复出现流脓、瘙痒和肿痛的症状。而因复杂性肛瘘的瘘管多，且治疗起来非常复杂，所以疾病复发率也很高。特别是在不明确病因的情况下，治疗会很难。那么，导致复杂性肛瘘的病因具体有哪些呢？
　　1、细菌感染
　　当细菌侵入直肠内部之后，就会引发肛窦炎和复杂性肛瘘等严重情况，而导致细菌感染的根本原因，还是和不良的生活饮食习惯有关。
　　2、肛门部位受损
　　如果肛门部位受到严重损伤，也会使肛周皮肤变得粗糙，进而会损伤肛管和肠壁，最终就会诱发肛周脓肿的情况发生。而肛周脓肿一旦破裂，分泌出的脓液和分泌物反复刺激之下，就会诱发复杂性肛瘘。
　　3、肛瘘或脓肿
　　当单纯性肛瘘发生感染之后的早期阶段，可能病灶只存在于一个间隙当中。但是随着感染情况的加重，脓腔压力也会增高，这样会导致感染进一步扩展，且发展到其他间隙里，最终就可能会形成马蹄形的肛瘘。或者是肛门后部以及前部向会阴体散播之后，形成高位肛瘘或者是括约肌上瘘。而瘘管的位置越高，支管也会越多，这样治疗起来也会更加复杂。
　　4、手术操作不当
　　肛瘘复杂化也和手术治疗过程中探查不仔细，以及人为造成内口有直接关系。此外，如果手术当中有支管的遗留，也会导致肛瘘伤口长久不愈，或者治疗后反复发作，这样也会使问题复杂化，且需要进行多次手术。而随着手术次数的增多，也会形成更多瘢痕，从而再次加重手术难度。
　　5、其他疾病引发感染
　　复杂性肛瘘的发生，也可能是全身系统性疾病发展过来的，例如克罗恩病，就会导致肛周多发瘘管。而骶前囊肿等局部因素，也会刺激肛瘘部位发生继发性感染和化脓，进而在切开引流手术后，导致复杂性肛瘘的情况发生。同时，如果患上单纯性肛瘘时，合并有糖尿病、血液病等疾病之后，也会使肛瘘长久不愈合，进而造成复杂性肛瘘。