难治性咳嗽是指病因诊断不明和(或)疗效欠佳的慢性咳嗽。现有咳嗽指南推荐的诊治流程要求在仔细询问病史和体检基础上，选择必要的辅助检查以查明慢性咳嗽的可能病因，结合针对病因的治疗反应来证实或排除诊断。
咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征、嗜酸粒细胞性支气管炎、变应性咳嗽和胃食管反流性咳嗽是慢性咳嗽常见病因，少见病因包括阻塞性睡眠呼吸暂停综合征和外耳道耵聍等。遵循诊治流程，88%～100%患者的咳嗽病因能够查明，后续治疗能改善84%～98%患者的咳嗽症状。然而，少部分患者即使经全面辅助检查，咳嗽病因也无法明确，或病因虽可查明，但无有效治疗手段或缺乏良好治疗反应，导致咳嗽症状顽固或持续，均属难治性咳嗽。
难治性咳嗽可以分为病因不明和病因清楚两类。病因不明的难治性咳嗽可以是病因根本无法查明，或因病因少见，接诊医师尚不具备识别能力。病因清楚者多见部分慢性间质性肺病、慢性阻塞性肺疾病或支气管扩张症等患者，这些疾病病因容易查明，诊断多无困难，但因缺乏有效病因治疗方法，咳嗽缓解困难，难以取得令人满意的疗效。目前发现难治性咳嗽患者都具有咳嗽敏感性增高的共同临床特征。难治性咳嗽的内涵处在不断动态变化中。以往的难治性咳嗽患者，随着医疗技术的进步和临床水平的提高，罕见病因不断得到识别或有效治疗手段的问世，可能会变得容易诊治。因此，总的趋势是难治性咳嗽逐渐减少，相关疾病谱不断缩窄。