输尿管结石多通过微创手术完成。手术时间长短不一，与采用的手术方式、结石的大小、位置、密度、输尿管条件等有关。
对于体积比较小，硬度较低的结石，输尿管条件良好，没有狭窄的患者，无论是输尿管硬镜还是软镜，很快将结石击碎，手术时间短的几分钟就可以完成手术。但是对于较大的输尿管结石，输尿管条件不好的患者，无论采用输尿管硬镜、输尿管软镜还是选择经皮肾镜、碎石取石术，手术的时间都可能会比较长。
医生会根据术中的情况决定手术的进程，在没有任何并发症的前提下，会尽量一次性将结石碎完，时间稍微长一些，并不一定会引起并发症，但是也不能一味追求完美，一次手术就要完全清除粉沫化结石，过长的手术时间可能会带来严重的并发症，尤其是对于年龄偏大的患者，合并症比较多的这些患者，一旦出现感染、出血等情况，可能会给患者带来致命性的损害。