直肠癌手术有出血，周围器官的损伤与术后吻合口瘘的风险。
术中在解剖系膜血管根部的时候可能会造成出血。因为腔镜的技术逐渐的娴熟，腔镜显示的清晰度也逐渐的提高，在术中有效地控制住系膜血管的出血，没有太大问题。
周围器官的损伤，最常见的是输尿管的损伤，还有就是腹膜后神经丛的损伤。特别是在肿瘤比较大，比较晚的情况下，周围可能造成其他邻近组织炎症水肿，解剖结构辨认不清。相对的腹部损伤风险会高一些。
一旦发生术后吻合口漏，本身肠腔里面含有大量的细菌，有可能造成腹部和盆腔的细菌性的腹膜炎，甚至严重情况下会引起感染性休克的后果。对一些肿瘤本身局部比较大，位置比较低，或者是有梗阻的情况，做完手术，直肠的吻合口很容易发生吻合口瘘。有可能在术中会做预防性的肠道口，把吻合口近端的肠子提出腹壁外，先做预防性的假状。整个手术恢复好了以后，大概3到6个月，再做肠道口的还纳手术，恢复肠道的连续性。
腹腔镜技术逐渐的在娴熟，再加上高清的3D腹腔镜的应用，医生解剖层次的观念和技术的逐步提高，腹壁损伤的风险也逐渐降低，而且是可控制的发生率相对很低。