肛瘘的形成一般是由于肛门周围发生炎症。在人体直肠与肛门的交界地方有一圈腺体，被称为肛门腺或肛腺，会分泌一些粘液起到润滑大便的作用，帮助人体进行排便。因为肛腺的开口位于肛窦，并且肛窦开口是向上的，非常容易被大便污染或者堵塞。如果肛腺在这时被堵塞，肛门的分泌物就无法排出体外，在身体里面就会引发炎症和化脓，而演变为肛周脓肿。因肛周脓肿是炎症演变而来，所以会破坏机体内的肛门周围的组织，皮肤表面就会形成溃疡，溃疡里有炎性因子，就会将浓液排出来，这样就形成了肛裂。

肛瘘作为直肠肛管常见的良性疾病，与肝脏脓肿其实是同一种疾病的不同分期，或者换句话说，肛瘘与肛周脓肿都属于坐骨直肠肛管周围间隙感染，只不过肛周脓肿是急性期，而肛瘘是慢性期。在临床上对于肛瘘，一旦诊断明确，唯有采用手术治疗才能获得治愈。因为肛瘘主要是继发于肛周脓肿，表现为局部的，肛周皮肤破溃流脓，流脓以后，又可以获得假性愈合，经过一段时间以后，可以再次破溃流脓，反复发作迁延不愈。对于肛瘘的治疗手术治疗，又包括两种方式，第1种就是对于低位单纯性肛瘘，也就是内口位于齿状线下方，可以采用直接的肛瘘切除得到一期愈合，而对于内口开口于齿状线上方，或者说肛管直肠环上方的肛瘘，通常需要行肛瘘挂线才能获得治愈，以免因为一次切断肛门括约肌，而引起大便失禁的症状。

肛瘘是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变，是肛门直肠瘘的简称。肛瘘是脓肿后时代，是一个疾病的两个阶段。英文名Analfistula，中医称为肛漏。典型的肛瘘就是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。非典型肛瘘一般只有内口而没有外口，或虽有内口又有外口，但中间瘘管闭塞，或只有外口，内口找不到，或干脆就只有一硬结。肛瘘占肛肠病的发病率，国内统计为1.67%～2.6%，国外为8%～20%。发病年龄以20～40岁青壮年为主。婴幼儿发病者亦不少见，主要见于男孩，女孩少见，男女孩比例为5：1。

一般简单肛瘘通过治疗，特别是手术治疗后，一般不复发。但复杂肛瘘、原因不明肛瘘，尤其是高位复杂肛瘘，术后有复发率，但复发率在10%以下。肛瘘复发原因有很多，第一，高位复杂性肛瘘，病灶很隐秘，现代检查手段往往检查不出来，包括超声、核磁、放射。有时检查到患者已根除病灶，但术后病人再次感染复发。第二，高位复杂性肛瘘，手术过程中难度很大，有时即使医生小心谨慎切除所有病灶，往往有小病灶遗留，造成手术失败。高位复杂性肛瘘要提高警惕，千万不要掉以轻心。简单肛瘘一般复发率很低。只有高位肛瘘或复杂肛瘘，有一定复发率。通过正规治疗、正规手术，一般术后复发率很低。

肛瘘，一般来讲，普遍认为是肛周脓肿以后破溃，或者切开以后形成的一个后遗的一个疾患。所以认为，肛瘘都是因为肛周的感染，是感染性疾病的不同的分期。一般来讲，典型的肛瘘，都是有外口，有瘘管和肛瘘的内口这么几部分来组成。这外口都在肛门的边上，肛门外边能看得到。外口的多少也不一样，比较简单的可能就一个外口，比较复杂的可能多个外口。瘘管多少也不一样，有的瘘管，它是一个管，有的瘘管，它是一根管，但是它是弯曲的管，但是，却不是一个直的管。但是，还有一些肛瘘，它有分叉，它的构造有主管，还有支管，还有一些更加复杂的情况。例如，有的肛瘘可能会形成各种马蹄形，或者是螺旋形。内口它也有的一个，有的可能多个，有的位置低一些，还有一些内口的位置相对高。但是来讲一般情况下，内口都在肛隐窝的地方，位置不是特别高。如果特别高的这些肛瘘，它的内口形成往往都是因为外伤或者是肠道炎性疾病造成，比如有时候吃一些鱼、骨头、鸡骨头、鱼刺、或者还有一些枣核等，扎到肠壁上造成的这些情况下，内口的位置可能比较高。一般情况下，如果是从肛隐窝感染的这种，一般的化脓性肛瘘，它的内口基本上位置不会太高。