白塞病目前病因不明，具有遗传性，与HLA-B5以及相关的B51亚型有关，与结核的感染有关，也可能与生活环境有关。目前认为该病的发病机制是患者在各种发病原因的作用下出现免疫系统功能紊乱。包括细胞免疫，体液免疫异常，中性粒细胞功能亢进，内皮细胞损伤和血栓形成，免疫系统对自身器官组织的反应，器官和组织的炎症，破坏，白塞病。