隐睾症一般被认为是由睾丸下降不全引起的。首先如果将睾丸导入阴囊的精巢出现异常或缺失，就可以确保精巢不会从原来的位置掉到阴囊中。其次，先天性睾丸发育不全是精巢对促性腺激素不敏感，失去下降动力的原因。另外下丘脑产生的黄体生成激素释放激素也会影响精巢下降的动力。在胎儿时期如果孕妇患有子痫，癫痫服用了禁忌药物，都有可能会导致隐睾。