非洲锥虫病临床上分为三个时期，第一为侵入皮肤后引起不同程度的硬块和结节，演变成锥虫性下疳，出现的部位为皮肤外露被虫蝇叮咬处，持续约3星期。第二为血液淋巴时期，会有周期性发烧及寄生虫血症等症状，有倦怠、后颈部淋巴节肿、关节疼痛、头痛及躯干红疹等情形发生，常见心肌炎。第三期脑膜脑炎时期，会有头痛、失眠、动作失调及行为障碍等情形发生，包括全身乏力、胃口剧烈下降、身体消瘦等，严重者神智下降、昏迷甚至死亡。