目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

卵巢巧克力囊肿的患者在术后应该注意以下事情，首先要预防复发，多卧床休息，预防感染，积极的补充营养。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，具有非常高的复发率，因此患者在术后需要坚持服用药物来控制病情，这样可以有效的预防复发。另外，为了让患者的身体尽早的恢复健康，需要让患者卧床一段时间，多吃蔬菜水果，补充足够的蛋白质。最后，患者需要定期的做好手术窗口的卫生护理，这样可以避免感染加快病症的恢复。在术后三个月以内，患者不可以进行性生活，必须在确认身体完全恢复到术前状态时，才能够进行适当的性生活。

卵巢巧克力囊肿需要定期做B超检查，药物治疗或手术治疗等。一、如果卵巢巧克力囊肿很小，比如两个厘米或者三个厘米，这种卵巢的巧克力囊肿不需要特殊的处理，只需要定期随访B超和肿瘤标志物C125就可以，每三个月或者3到6个月做一次B超，经阴道的超声，同时抽血查一下C125，看看C125有没有特别的升高，因为特别的升高就怀疑巧克力囊肿是否有恶变，那个时候需要重视；如果要是说C125也很平稳、轻度升高，同时B超提示卵巢巧克力囊肿也就是两三个厘米，也没有过度的增大定期复查就可以。二、如果卵巢巧克力囊肿比较大，比如超过五个厘米的卵巢巧克力囊肿，这种情况就建议手术，卵巢巧克力囊肿痛经比较明显，就是囊肿导致输卵管性的不怀孕，这些卵巢巧克力囊肿都需要进行处理。卵巢巧克力囊肿的处理主要就是手术治疗，而手术治疗主要就选择腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术。要做好密切随访。还有一些治疗方式，比如说可以打GnRH-a这种药物治疗，保守性治疗还是比较少的。

潮热、盗汗、骨质疏松、烦躁、失眠、耳鸣、不来月经。卵巢巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，对于小的巧克力囊肿，可以进行药物保守治疗，但并不能将其治愈。如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。由于肌注曲普瑞林是造成女性的假绝经，会抑制女性的下丘脑和垂体以及卵巢功能，因此最常见的副作用，就是会在肌注以后有潮热、盗汗的更年期症状。还可能出现骨质疏松表现，同时有的女性还会有烦躁、失眠、耳鸣症状。在肌注以后，女性暂时不会来月经，所以还可能会出现阴道干涩、性欲下降等副反应，但通常在停药以后，这些副反应表现就会自然消失。

巧克力囊肿也称卵巢子宫内膜异位囊肿，是很容易复发的。虽然子宫内膜异位症的具体发病机制不清楚，但是“经血逆流”的理论是最经典的。女性发生经血逆流的真实概率非常高，子宫内膜异位症却没有同样的高发病率。这是因为，并非所有女性的体质都适合异位的内膜生长。反过来说，发生子宫内膜异位症的女性，体内环境可能比较适合异位内膜的扎根生长。通俗来说，其体质容易长巧克力囊肿。所以，即使做了手术，切除病灶，其体质还是改变不了。只要卵巢还可以产生雌激素，子宫内膜异位症就可能卷土重来，巧克力囊肿也同样如此。在做囊肿手术的时候，都是尽量清除掉能见到的病灶。即使是盆腔其他位置的内异灶，也是如此。然而有些病灶隐藏地很深，和周围的正常组织组织无法区分开来。这些微小隐匿的病灶，是术后复发的又一大根源。复发最大的痛苦莫过于痛经、盆腔痛。鉴于巧克力囊肿手术之后的高复发率，我们建议术后使用地诺孕素或促性腺激素释放激素激动剂或联合短效避孕药长期管理，力争复发率下降到最低的水平。