肛瘘的治疗，分为非手术治疗和手术治疗。药物治疗主要控制感染，减轻症状，控制发展，但不能彻底治愈，或一时相对治愈，很容易复发。治疗肛瘘唯一有效方法是手术疗法，手术的治疗目的是清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是治疗的关键。

一、非手术治疗：

1.药物治疗：用于治疗肛瘘的急性炎症，由于致病菌多为大肠杆菌、变形杆菌，常使用对革兰氏阴性杆菌的抗生素或广谱抗生素，如磺胺类药物、四环素、庆大霉素、卡那霉素等。

2.外洗药物：高锰酸钾坐浴，或用中药祛毒汤熏洗。

3.外用软膏：急性炎症期，可遵医嘱使用莫匹罗星软膏、夫西地酸钠软膏、复方多黏菌素B软膏等药物消炎。

二、手术治疗：

1.切开法：取侧卧位或截石位，局部消毒，局麻或骶麻，用探针寻找内口，将管道病变探查清楚，将主管及支管一一切开，搔刮腐烂组织，结扎内口，创面修整平顺后凡士林油纱条、纱布、胶布固定，每日用温水坐浴。瘘管切开术对低位肛瘘而言，因瘘管仅侵犯外括约肌浅层和皮下层，故破坏性小，引流通畅，痊愈后瘢痕组织较小，手术技巧简单，根治率较高。对高位肛瘘而言，由于术者往往担心创面引流，故大部分切口较大，大多数都需要切断外括约肌深层肌纤维，所以术后有很大一部分病人有不同程度的大便和气体失禁，显然这种疗法不适用于深部的高位肛瘘。

2.切开缝合法：术前常规准备，侧卧位，麻醉后，确定内口位置，从外口插入探针经内口穿出，将探针用于勾出肛门外，再沿探针将管道从外口切至内口，切开整个管道，结扎内口两侧感染的肛隐窝，并将管道全部切除。注意切除所有支管，缝合前注意止血，冲洗伤口然后分层缝合，切口近端要开放，便于引流。

3.瘘管切除法：侧卧位，常规消毒，麻醉后，判明内口位置，用美兰再次证实内口部位，以粗探针从外口插入，从内口穿出，于瘘管两侧的皮肤上做切口。将探针弯曲为环，左手握住环形探针两端用力向外牵拉，将整个瘘管提起，沿切口继续切入，切面斜向下至瘘管的深层处，两侧切口会合将管道从内口到外口作整块切除，创面修整呈V形，压迫止血。本疗法的优点是一次将病变组织切除，引流通畅，缺点是破坏性大，伤面大，愈合时间长，且瘢痕大，常导致肛门的畸形。仅适用浅表肛瘘。

三、中医治疗：

本病的治疗，当注意攻、补的适宜，治实不忘补虚，补虚则当顾其实。根据本病的特点，应注重内外兼治、整体与局部并重，初起寒热交作，大便坠痛，宜用轻剂解散。已成内热，口干，大便秘结，脉沉实而有力者，当下之。肛门肿痛，常欲便而下坠作痛者，导湿热兼泻邪火。肛门肿、疼痛，小便涩滞，小腹急胀者，清肝利小水。出脓腥臭，疼痛不减，身热者，养血、健脾、更兼渗湿。脾胃虚弱，不能收敛者，滋肾气、补脾胃。