卵巢巧克力囊肿有可能会影响女性月经的。如果卵巢巧克力囊肿比较小，对月经的影响则不明显；如果是比较大的囊肿，则会对卵巢组织破坏的比较多，就会表现为月经的异常，临床上通常会引起月经量特别多。它会影响女性的卵巢功能，由于部分女性会表现为经期延长，而且女性卵巢功能受到影响会影响女性的排卵，甚至引起月经经期的延长。在临床上，对于卵巢巧克力囊肿这样的患者，应该定期进行超声检查，以排除巧克力囊肿迅速的长大，必要时则需要进行手术治疗。

患有巧克力囊肿的患者会出现月经血发黑的情况的，这是由于卵巢巧克力囊肿又叫做子宫内膜移位卵巢囊肿。这往往是由于具有生长功能的一位内膜侵入卵巢，从而引起的卵巢囊肿，而移位的子宫内膜病灶侵入卵巢后破坏卵巢功能，从而引起内分泌功能紊乱，此时就会影响女性的月经，使女性的月经出现黑色。建议患者可以调整月经周期，必要时可以去医院，由医生的指导下，可以口服一些活血化瘀的中药来进行调理治疗。如果巧克力囊肿过大，则应该进行手术治疗。那么女性在平时日常生活中要保持好良好的心态，压力不要太大。

巧克力囊肿是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，所以使卵巢子宫内膜异位囊肿，从而形成了一个包裹性的囊肿，平时会有明显的痛经症状，而且囊肿会逐渐的增大。如果较大的巧克力囊肿可以采取腹腔镜手术治疗，不过手术可能有一些影响，比如有可能会对卵巢组织进行错误的剥离，或者手术中器械对卵巢组织造成副损伤，有可能影响到女性的卵巢功能，甚至还可能会引起卵巢功能过早的衰退，而且手术后开可以造成盆腔器官部分粘连。平时可能会出现腹部疼痛、下腹部部不适、性交痛等不良的现象出现。

巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致，这时不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。由于卵巢巧克力囊肿容易反复发作出现，所以巧克力囊肿并不是一定能够完全治愈，但对于大部分女性，在通过腹腔镜手术以后，将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。但对于手术后出现巧囊复发的女性，只能考虑对症进行止痛治疗，必要的时候还需要二次进行手术治疗。而且还有的女性即使行二次手术治疗，那么在切除以后仍然还可能再次复发，这时就只能考虑再进行手术或者对症治疗。

巧克力囊肿若明确是子宫内膜异位症导致的，要超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；若为浆液性或粘性囊腺瘤，先将其剥掉，做病理性分析，根据结果对症处理。一、首先看囊肿体积有多大。囊肿直径超过四公分时，应处理。若患者由于不孕症检查到囊肿只有两三个公分时，也应干预。明确是卵巢子宫内膜异位症造成的囊肿，可对囊肿进行抽吸。超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；二、卵巢浆液性或粘性囊腺瘤，里边是咖啡色液体，应把囊肿剥下，进行病理检查。当患者就诊第一次发现卵巢有一个囊肿，高度怀疑是卵巢巧克力囊肿，当直径超过四厘米时，建议患者手术分离，将其剥下来，做病理检查，确认是卵巢子宫内膜异位囊肿后，再进行相应治疗。